Двудомный низкорослый стелющийся кустарник с простертыми, иногда приподнятыми ветвями; редко вырастает в виде небольшого прямостоячего кустарника. Кора ствола и ветвей гладкая, красновато-серая. Листья на молодых растениях и иногда на нижних бесплодных ветвях старых экземпляров игловидные, не колючие. Шишки поникающие, семян в шишке обычно 2, но бывает и 6.
Можжевельник казацкий и его формы вполне холодоустойчивы. Типичная и другие низкорослые формы декоративны. К сожалению, возможность применения мож-жевельника казацкого и его форм ограничивается из-за ядовитости. Побеги его содержат ядовитое масло сабиноль.